สโมสรแบงค็อก ยูไนเต็ด ฟุตบอล คลับ ได้ถือกำเนิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 25 ธันวาคม 2505 ซึ่งในขณะนั้นใช้ชื่อว่า “สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพ” จากปณิธานตั้งมั่นของผู้บริหารและคณาจารย์มหาวิทยาลัยที่ต้องการสร้างสรรค์มหาวิทยาลัย ให้เป็นสถาบันอุดมศึกษาที่มีคุณภาพชั้นนำของประเทศ ซึ่งนอกเหนือจากมุ่งส่งเสริม ด้านการเรียน เพื่อผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพออกสู่สังคมแล้ว มหาวิทยาลัยยังให้ความสำคัญ กับการสนับสนุนกิจกรรมการกีฬา โดยจัดให้มีศูนย์กีฬาและสนามกีฬาเพื่อให้บริการ แก่นักศึกษา บุคลากร ตลอดจนบุคคลภายนอก และได้ส่งทีมนักกีฬาเข้าร่วมแข่งขัน ตามคำเชิญของหน่วยงานและองค์กรต่างๆ อย่างต่อเนื่อง และฟุตบอลถือเป็นกีฬาหนึ่ง ที่มหาวิทยาลัยได้ส่งสโมสรฟุตบอลเข้าร่วมการแข่งขันเรื่อยมา

เมื่อเข้าสู่ปี 2531 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพได้ร่วมเข้าเป็นสมาชิกของสมาคม ฟุตบอลแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์ จนได้เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วย พระราชทานประเภท ง. ก่อนจะสามารถเลื่อนระดับชั้นสู่ถ้วยพระราชทานประเภท ค. ในปี 2533 ก่อนจะไต่ลำดับขึ้นไปแข่งในถ้วยพระราชทานประเภท ข. ในปี 2534 จากการ บ่มเพาะฝึกฝนพัฒนาทักษะของทีมเรื่อยมา ปี 2543 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัย กรุงเทพก็ได้รับตำแหน่งรองชนะเลิศถ้วยพระราชทานประเภท ข. ทำให้ได้รับสิทธิ์ให้เข้าร่วมการแข่งขันในดิวิชั่น1 และจบฤดูกาล 2544/2545 ด้วยการครองอันดับ 3

ในฤดูกาลแข่งขัน 2545/2546 สโมสรได้คว้าแชมป์ชนะเลิศฟุตบอลดิวิชั่น 1 ทำให้ ได้รับสิทธิ์เลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นฟุตบอลไทยพรีเมียร์ลีก ครั้งที่ 8 ซึ่งถือเป็นผลงานในระดับ ที่ดีที่สุดครั้งแรกของการก่อตั้งสโมสร และถือเป็นทีมสโมสรเดียวจากสถาบันการศึกษา ที่สามารถเลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในระดับลีกสูงสุดของประเทศได้โดยที่มีนักกีฬาส่วนใหญ่ มาจากนักศึกษาและศิษย์เก่าของมหาวิทยาลัย จนมาถึงการเข้าร่วมแข่งขันในไทยลีก ครั้งที่ 3 ในฤดูกาล 2549 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพก็สามารถ คว้าชัยชนะในระดับสูงสุดของระบบลีกฟุตบอลไทยได้สำเร็จ จากการร่วมแข่งขัน ทั้งหมด 16 ทีมทำให้ได้สิทธิ์เป็นตัวแทนประเทศไทยเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลเอเอฟซี แชมเปียนส์ลีก และได้รับเชิญจากสมาคมฟุตบอลประเทศสิงคโปร์ให้เข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลสิงคโปร์คัพ 2007 ซึ่งทีมได้ผลงานกลับมาในอันดับ 3 และจบฤดูกาลด้วย อันดับที่ 4 ในไทยพรีเมียร์ลีก ส่วนผลแข่งขันจากรายการเอเอฟซี